Rogaland Arboret er organisert som en stiftelse opprettet i 1973 med eget rettssubjekt. Stiftelsens formål er å utvikle og drifte et arboret med en omfattende samling av trær og busker, samt å fremme naturkunnskap, naturglede og bevaring av genetiske ressurser.

Stiftelsens øverste organ er representantskapet, som består av representanter fra fylkeskommunen, kommuner, fagmiljøer, organisasjoner og institusjoner med tilknytning til arboretet. Representantskapet velger styret og behandler blant annet årsmelding, regnskap og valg av tillitsvalgte etter gjeldende vedtekter.

Styret har det overordnede ansvaret for drift og utvikling av stiftelsen. Styret består av leder og seks medlemmer, med varamedlemmer, og skal sørge for at virksomheten drives i tråd med vedtekter, budsjett og gjeldende lover. Styret ansetter daglig leder og fastsetter rammer og fullmakter for den daglige driften.

Den daglige virksomheten ledes av daglig leder sammen med ansatte innen grøntfaglig drift, teknisk drift og administrasjon. Arboretets arbeid støttes også av samarbeid med offentlige myndigheter, forskningsmiljøer, organisasjoner og frivillige.